一、完善医院内部管理制度方面
1、首次提出章程是医院内部管理的立柱之本。明确了章程的纲领地位，医院以章程为统领，建立健全内部管理机构、管理制度、议事规则、办事程序等，以此来规范医院的内部治理结构和权力运行规则，提高运行效率。明确了章程内涵，即医院性质、办院宗旨、功能定位、办院方向、管理体制、经费来源、组织结构、决策机制、管理制度、监督机制、文化建设、党的建设、群团建设，以及举办主体、医院、职工的权利义务等。明确了党组织在医院内部治理结构中的地位和作用，为加强党对公立医院的领导，全面提高公立医院党建水平，确保医院正确改革发展指明了方向。
2、明确核心制度是医院内部管理的架梁之基。阐明了医院8项内部管理制度的具体内涵。《指导意见》明确了医疗质量安全管理制度是医院的根本，人力资源管理制度落实了医院选人用人及分配自主权，财务资产管理制度强化了医院全面预算管理、成本管理意识，绩效考核制度将政府的办医目标落实到科室和医务人员，人才培养制度保障了医院核心竞争力，科研管理制度是医院医学研究、适宜技术推广和医学科学发展助推器，后勤管理制度为规范医院基础设施建设和设备配置，推进后勤服务社会化提供了清晰路径，信息制度建设为医院发展提供了强有力的技术保障。阐明了以文化引领医院建设，树立以患者为中心的服务理念，培养敬业、创新、奉献的医务人员队伍，打造风清气正的医疗卫生行业环境，推动医院精神文明建设。
二、建立健全医院治理体系方面
1、明确政府的举办职能和监管职能。政府对公立医院具有举办职能和监管职能，列出了举办职能清单和监管职能清单。政府行使公立医院举办权、发展权、重大事项决策权、资产收益权等。政府对各级各类医院的医疗质量安全、医疗费用、大处方、骗保、回扣等具有监管的权利，对医疗服务、医院规模等有监管职能，对造成社会重大影响的乱收费等有问责职能。
2、清了政府和事业单位间的关系。政府要减少对事业单位的微观管理和直接干预，强化制定政策法规、行业规划、标准规范和监督指导等职责，进一步落实事业单位法人自主权。目前，北京协和医院、香港大学深圳医院、江苏省镇江市康复医疗集团等通过制定医院章程，厘清医院、政府和社会之间的权责关系。
3、明确公立医院自主权。公立医院要依法依规进行经营管理和提供医疗服务，行使内部人事管理、机构设置、中层干部聘任、人员招聘和人才引进、内部绩效考核与薪酬分配、年度预算执行等经营管理自主权。落实公立医院用人自主权，在编制总量内根据业务需要面向社会自主公开招聘医务人员，对紧缺、高层次人才可按规定采取考察的方式予以招聘。
三、强调社会监督和行业自律方面
健全绩效考核制度是政府推行事业单位改革，提升公共服务质量的重要工具和手段，是促进事业单位持续改进的有力抓手。上海申康医院发展中心、深圳公立医院管理中心的经验和做法提供了较为丰富的经验，在发挥政府对医院的举办监督职责、控制医疗费用不合理增长、提升患者满意度等方面起到了积极作用。
