燃料电池的优点 ：
节能、转换效率高、不需要石油燃料 ，除用汽油重整产生氢气外，其他(甲醇、碳氢化合物等)燃料基本不用石油燃料。 由发动机经驱动系统到车轮的综合效率，内燃机汽车为11%左右。以氢气为燃料的FCEV实际效率达到50%～70%；用甲醇为燃料，经过重整产生氢气FCEV，实际效率达到34%。可见，FCEV的实际效率大大高于内燃机汽车。
内燃机在额定功率附近才有最高效率，而在部分功率输出条件下运转，效率迅速降低。 燃料电池在额定功率下的效率可以达到60%，而在部分功率输出条件下运转效率可以达到70%，在过载功率输出条件下运转效率可以达到50～55%。高效率随功率变化的范围很宽，在低功率下运转下率高，特别适合于汽车动力性能的要求。
内燃机过载能力低，在过载运转时容易"熄火"。 燃料电池短时间的过载能力，可以达到额定功率的200%，非常适合汽车在加速和爬坡时动力性能的特征。 综上几点，燃料电池的节能远远超过内燃机，而且稳定性和可靠性高于内燃机。
排放达到零污染 内燃机排放废气中的有害气体，对环境造成的污染是内燃机汽车的致命缺点，尽管采取了各种各样的机内和机外的技术措施，只能是达到“低污染”的水平，由于内燃机汽车的数量庞大，即使是"低污染"也给地球环境带来巨大影响。用氢气作为燃料的燃料电池发动机主要生成物质为水，属于"零污染"。用碳氢化合物作为燃料的燃料电池发动机主要生成物质为水、二氧化碳和一氧化碳等，属于"超低污染"。出于对地球环境保护的要求和谋求新的能源，燃料电池发动机是比较理想的动力装置，并有可能逐渐取代石油作为车辆的主要能源。
车辆性能接近内燃机汽车 内燃机的比功率约为300W/kg，目前燃料电池本体的比功率为700 W/kg，功率密度1000W/L。如果包括燃料电池的重整器、净化器和附属装置在内，比功率为300～350 W/kg，功率密度280W/L。在能量方面燃料电池与内燃机相接近，因此其动力性能可以达到内燃机汽车的水平。
