洁净车间如果设计是正确、合理的，施工建造是高质量的，但在运行维护管理中不科学、不严格、必将使洁净车间的空气洁净度逐渐下降，造成实际生产环境中的多项指标偏离规定要求，从而产品质量下降，甚至不合格—：
洁净车间人员管理，制定专职管理人员的职责、洁净车间人员的准入制度、人员培训教育规定、进入洁净车间人员的“人净程序”管理。物流管理，物料进入、各类设备进入，以及相关设备、管线的维护管理，应做到不得将微粒、微生物带入室内。洁净度管理，包括洁净服采购和制作、洁净服使用管理、(洁净车间)洁净服的清洗规定等。
洁净车间清扫、灭菌：
1.洁净室的清扫一般须在生产工艺结束后进行；如有必要在生产前清扫，则工艺生产必须在净化空调系统开机运行时间达到洁净要求后方可开始进行。为防止交叉污染，清扫洁净厂房设施均应按产品特点、工序要求、洁净度等级不同分别专用。
清扫工具一般采用集中固定式和便携移动式真空清扫设备。如不具备上述条件，也可采用不掉纤维的材料如丝光毛巾、尼龙布进行擦拭，一般每天1次或数次。
工作台及工器具清扫一般每天一次；10～1000级厂房墙壁、地面清扫，一般每周一次，1万～10万级每月一次。净化空调系统每年宜清洗1～2次，并委托专门清扫人员进行——净化车间公司友情指出！
2.洁净室灭菌
对生物洁净室，除对送入洁净室的空气中的生物或非生物微粒数要受到控制，还要对室内器具、地面、墙面、壁板等表面进行消毒处理。空气洁净技术不能杀灭细菌，生物洁净室运行管理中必须采取消毒、灭菌措施，减少微生物在洁净室中的生存、繁衍。
目前，传统灭菌方法为：紫外线灭菌、药剂灭菌、加热灭菌和臭氧灭菌法。它们安全可靠性都很好，应用最为广泛。
