太阳能热水器用了一段时间后，会产生大量水垢，使热效率大打折扣，原来水热的很快，现在水温总上不来，就是因为水垢在加热管内壁和水之间形成隔热层，阻挡了热传递。这是因为自来水中少量的泥沙、杂质，沉积在真空管、内胆内部；加热时水中的钙、镁盐类，溶解度下降，形成结晶沉淀物析出；太阳能热水器内水慢慢晒热，细菌大量繁殖，死亡后沉积，和水垢一起形成污物。
具体来说，太阳能热水器清洗不及时，会有以下危害：
1、坚硬的水垢能使太阳能的热能转换率降低甚至失效。这就是太阳能热水器水温降低和供水量减少的原因。
2、水垢中含有多种化学成分，长期的沉淀和积累是水中的有害物质不断增加,可能导至皮肤过敏。
3、粘泥、微生物、细菌在长时间不断更新、交替反应中也生成了很多有害物质。能引发多种皮肤病的发生，有些妇女、儿童洗完澡后有时感到皮肤瘙痒和起红点。
